в Порядке заполнения и предоставления формы № 2-ТП (Отходы) указывается следующее:

«Форму федерального государственного статистического наблюдения N 2-ТП (отходы) «Сведения об образовании, использовании, обезвреживании, транспортировании и размещении отходов производства и потребления» представляют:
граждане (физические лица), занимающиеся предпринимательской деятельностью без образования юридического лица (далее — индивидуальные предприниматели), осуществляющие деятельность в области обращения с отходами производства и потребления;
юридические лица (в том числе являющиеся субъектами малого предпринимательства), включая их обособленные подразделения, (далее — юридические лица), в процессе деятельности которых образуются (поступают), используются, обезвреживаются и размещаются (включая хранение и захоронение) отходы производства и потребления, а также осуществляющие деятельность по сбору отходов, их транспортированию.

Исходя из этого определения, получается, что сведения необходимо подавать не в зависимости от того, арендатор или арендодатель организация, а в зависимости от того, участвует ли организация в произвдостве отходов, их переработке, сборе, транспортировке и т.п.

По всей видимости, департамент экологии посчитал, что у Вас такая обязанность есть.

С материалами дела я не знаком, поэтому более точного ответа дать не могу.

P.S. Я из Вашего вопроса так и не понял, является ООО арендатором или арендодателем, т.к. по тексту Вы назваете его «арендатором», но тут же получается, что торговые места оно все таки «сдает».